分子探针计算测试——复达客户检测案例
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370 2022年5月20日，检测中心接到长沙某大学老师的计算需求。接到反馈后，检测工程师第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：
客户背景
客户是长沙某大学的老师，其主要研究分子和探针之间的相互作用，希望确定是在两个分子的什么位置形成了氢键， 除此之外，还有没有其他的相互作用，比如静电吸附、堆积之类的。
样品名称
ATP、探针
客户需求
其研究目的如下：
1.测两分子结合方式：探针上氨基与ATP上的磷酸羟基之间形成氢键。
2.氢键的数目、结合位点不清楚，希望通过模拟确定分子结合方式、键能等信息。
解决方案
软件用gromacs，力场用的GAFF2；在恒温恒压以及周期性边界条件下进行。应用GAFF力场，水模型为TIP3P水模型。在MD模拟过程中，所有涉及氢原子的键采用LINCS算法进行约束，积分步长为2 fs。静电相互作用采用（Particle-mesh Ewald）PME方法计算。非键相互作用截断值设为10 ?，每10步更新一次。
客户反馈
客户对数据结果非常满意，通过分子动力学模拟，结果能够非常好的契合其研究目的，模拟结果表明，整个体系的静电相互作用包括真空条件下的静电相互作用和极性溶剂化能（ΔGelec+ΔGPB）为9.911 kJ/mol，不利于底物的结合；非极性作用可以作为疏水相互作用能，包括真空范德华能和非极性溶剂化能（ΔGvdw+ΔGnp），非极性相互作用为-23.877 kJ/mol，因此，底物与蛋白结合过程中，范德华力为主的疏水作用是主要的驱动力。
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